De seks store glasmosaikker er umiddelbart den mest overvældende del af udsmykningen i Vejleå Kirke, ikke bare i kraft af deres størrelse – hver rude er 22,5 kvm. stor – men især på grund af den virkning, der opstår, når lyset bryder igennem det farvede glas. Herved reflekteres farverne på de store hvide murflader og skaber et forunderligt spil i kirkerummet, forskelligt efter tidspunktet på døgnet og årstiderne. Farvernes flygtighed gør af samme grund synsoplevelsen forskellig fra middelalderens statiske kalkmalerier. En anden helt særlig virkning er oplevelsen af den oplyste kirke udefra, når mørket er faldet på. Vinduernes farver og former stråler fortryllende, højt svævende, gennemlyst fra sit indre, som et anelsesfuldt billede på det himmelske Jerusalem.

Til ruderne er anvendt fire lag glas: De to inderste er dels glasplader, hvorpå kunstneren har tegnet/farvet med sort og visse steder sandblæst, dels egentlig farvet glas (importeret fra Frankrig) blæst i forskellig tykkelse, og som er proportionalt med farvemætheden. Det farvede glas har Peter Brandes skåret og samlet som en slags patchwork, bundet sammen ikke som tidligere med bly, men med silikone, hvorved overgangene bliver langt mere flydende. Udover de seks ruder er der to smalle lodrette glasbånd, der samler henholdsvis kirkeskibets to kuber og skibet med koret.

Ligesom arkitekten til kirken har anvendt de tre geometriske figurer, har Peter Brandes valgt de tre grundfarver og deres komplementærfarver til hver af ruderne. De lyseste farver – gul og orange – i nordsiden, de mørkere farver, grøn og lilla i sydsiden. Rød og blå anbragt henholdsvis i øst og vest. De tre ruder fjernest fra koret har motiver fra Det gamle Testamente: Kain og Abel (syd) Abraham og Isak (vest) og Job (nord). De øvrige tre ruder har motiver fra Det ny Testamente: Lazarus (nord) Jesus i Getsemane have (syd) og det centrale korsfæstelses- og opstandelsesbillede i østruden. I skibets vestende over orglet er en rektangulær rude, der er en slags indholdsfortegnelse af alle seks ruder.

De seks ruder samtaler med hinanden som knudepunkter i den bibelske historie. De viser, hvordan væsentlige motiver i Det gamle Testamente (den vestlige del af kirken) og Det nye Testamente (den østlige del) står i et spændings- og forløsningsforhold til hinanden. Kunstneren har valgt de motiver, der giver anledning til de dybeste eksistentielle overvejelser. Og ikke kun de valgte motiver, men også selve den kunstneriske fremstilling udtrykker spændingen: Rudernes store skønhed og vidunderlige farver vil ikke skjule afgrunden, men rumme den i sig.

Abraham og Isak:
I vestenden på den blå rude ses Isak, der knæler som det uendeligt store offer, Gud har krævet af Abraham, og som Abraham med sin ufattelige tro er villig til at yde. Abraham selv er blot repræsenteret ved foden nederst til højre. Vel med tanke på de tre dage, han vandrede af sted med Isak til Morija bjerg, hvor ofringen skulle finde sted. Men – i sidste øjeblik holder Guds hånd (til venstre) ham tilbage. Et motiv, som har optaget Peter Brandes i adskillige år, og som har stærkt personlige rødder, idet hans bedstefar hed Isak og blev et af de mange ofre for nazisternes grusomheder.

Korsfæstelse og opstandelse:
På den røde østrude i den modsatte ende af kirken foran kor og alter ser vi, at Gud ofrer sin egen søn til døden på et kors. (Isak og Jesus er afbildet spejlvendt af hinanden.) På ruden, som også fungerer som kirkens alterbillede, er døden afbildet frygtelig virkelig: Til venstre ses Maria med sin døde søn i armene (pieta-motivet). Til højre ses både Jesus på korset og et stort sårmærket ansigt. Men yderst til højre er tornekronen forvandlet til en fuglerede med æg: En forudgriben af opstandelsen, som fremstilles øverst, over korset, men kun som farve og lys.

Imellem disse to dramatiske fortællinger er de øvrige fire kirkeruders motiver spændt ud.

Kain og Abel:
Sydvestruden (violet) viser den første ugerning efter syndefaldet, brodermordet. Kain dræber Abel. Menneske dræber menneske – som det er fortsat lige siden. De to brødre ses nederst i hver sin mindre trekant: Agerdyrkeren Kain til venstre, omgivet af kornaks. Kvægavleren Abel til højre med sine dyr. De to brødre er adskilt ved mordvåbnet, som dominerer firkanten. Men de er også forbundet fra hoved til hoved ved en slags navlestreng: Bødlen og offeret er uadskillelige.

Job:
Over for Kain (i nordvestruden) ses hans tilsyneladende modstykke: den retfærdige lidende Job, der blev frataget alt. Men Job er ikke et passivt offer som Abel og Isak, ejheller bøjer han hovedet i ubetinget lydighed som Abraham. Job går i rette med Gud og kræver retfærdighed. På ruden ses den orange Jobskikkelse med hånden rakt ud mod Gud, der som en mørk, omvendt tvilling svarer ham ud af stormen. Job er flankeret af en knækket solsikke til højre. Til venstre ses kvæg, der er ved at blive til skelet. Sådan er Jobs hele omverden medinddraget i hans lidelse.

Lazarus’ opvækkelse:
er motivet for den gule nordøstrude ved siden af Job. Opvækkelsen fra de døde er et tegn på opstandelsen og også associativt forbundet med den Job, der til sidst fik al sin lykke givet tilbage af Gud. Men genopvækkelsen er åbenbart ikke let: Brandes har billedliggjort den i et stærkt angstpræget ansigt, der har kraftige mindelser til Edvard Munchs Skriget. Nederst til højre fremstilles genfødslen ud af mørkets hule, hvor Lazarus allerede var begyndt at rådne, som et fosters komme til verden. Yderst til højre ses også et svøbelsesbarn; til venstre et køretøj, der er gået i stå.

Getsemane Have:
På den grønne rude mod sydøst ses Jesus knælende i bøn, forladt af disciplene, forrådt af Judas. Til venstre ses Judaskysset og et afhugget øre, som symboliserer apostlen Peter. Den lille hane derover minder om, at selv Peter vil fornægte Kristus tre gange, inden hanen har galet. Modsat Lazarus-billedet ses det store ansigt (i midten) ikke med et skrig, men med en medfølelsens og barmhjertighedens tåre grædt for menneskene. Ansigtet er omgivet af edderkoppespind. Det symboliserer den skæbne, Jesus ikke kan undgå, skønt han netop denne nat beder sin Far om at slippe. “Dog ikke som jeg vil, men som du vil …”

Øvrige glasruder:
Vinduet bag orglet er Peter Brandes’ egen nøgle til de seks ruders motiver, forsynet med enkelte ord.